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3 Methoden

Mzn

⋅⋅

Gleichung 3.2

Solv

23,1

1−=

Gleichung 3.3

Matthews-Koeffizient

: Volumen der Elementarzelle

n: Anzahl der Moleküle pro

asymmetrische Einheit

z: Anzahl der asymmetrischen

Einheiten pro Elementarzelle

: Molekulargewicht

Solv

: Solvensgehalt

3.6.3 Lösung des Phasenproblems

Da für die in dieser Arbeit vorgestellte Proteinstruktur bereits ein hinreichend

gutes Modell vorlag, konnte zur Lösung des Phasenproblems die Methode des

molekularen Ersatzes angewendet werden. Dazu wurde das im Programmpaket

ccp4-suite enthaltene Programm AMoRe benutzt (88, 127). Die mittels der

Patterson-Funktion P(uvw) (siehe Gleichung 3.4) aus den Quadraten der

Strukturfaktoramplituden F(hkl) durch Fourier-Transformation berechneten

Differenzvektoren u, v, und w der Elektronendichteverteilung können als

urpsrungszentrierte Abstandsvektoren aufgrund ihres Betrags in Selbstvektoren

(Länge 0), kurze intramolekulare Vektoren und lange intermolekulare Vektoren

eingeteilt werden.

∑

++−

⋅=

hkl

lwkvhui

ehklFuvwP

)(2

)()(

Gleichung 3.4

uvw:

Differenzvektor der Elektronendichte

│F(hkl)│: Strukturfaktoramplitude

Liegt nun ein geeignetes Modell vor, können dessen intramolekularen Vektoren

berechnet, verglichen und in einem Algorithmus durch eine entsprechende

Rotationsfunktion zu einer übereinstimmenden Orientierung gebracht werden. Mit der

aus der Indizierung erhaltenen Kristallsymmetrie können nun die intermolekularen

Vektoren verglichen und durch eine Translationsfunktion ebenfalls angepasst

werden. In einem Verfeinerungsschritt kann die Positionierung des Modells und die

Anpassung an die beobachteten Daten weiter verbessert werden. Die Berechnung

der Strukturfaktoren F

calc

und der entsprechenden Phasen aus dem Modell sowie die

1 2 ... 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 ... 143 144

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