MTD 243-670 User Manual Page 85
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ERGEBNISSE KAPITEL 3
bb. 3.18: Schematische Darstellung des Abbaus aromatischer Kohlenwasserstoffe in
R. eutropha über den β-Ketoadipat-Weg nach KEGG (ortho-Spaltung). Blau umrandet, Pro-
4-Hydroxybenzoat
EC 1.14.13.2
H16_B2286
Protocatechuat
EC 1.13.11.3
H16_B2291
H16_B2290
β-Carboxymuconat
γ-Carboxy-
Muconolacton
EC 5.5.1.2
H16_B2289
EC 4.1.1.44
H16_B2288
Benzoat
EC 1.14.12.10
H16_A1963
H16_A1962
H16_A1961
Catechol
EC 1.13.11.1
H16_A1964
cis,cis-Muconat
Muconolacton
EC 5.5.1.1
H16_A1966
H16_A2422
NP_943029
EC 5.3.3.4
H16_A1967
3-Oxoadipatenollacton
EC 3.1.1.24
H16_A1968
EC 2.3.1.16
H16_A0462
3-Oxoadipat
3-Oxoadipyl-CoA
Acetyl-CoA Succinyl-CoA
+
EC 2.8.3.6
H16_B0198
H16_B0199
NP_943022
NP_943023
EC 2.3.1.16
H16_B0200
Transporter
H16_B2293
Transporter
NP_943021
Dihydroxy-
Benzoat
EC 1.3.1.55
H16_A1960
H16_B0536
NP_943028
NP_943019
NP_943039
NP_943040
Transporter
H16_A2672
H16_A1629
H16_B1584
H16_B1583
A
teine, die auf Chr.1 kodiert sind; rot umrandet, Proteine, die auf Chr.2 kodiert sind; grün umran-
det, Proteine, die auf pHG1 kodiert sind. CDSs zu Proteinen gleicher Hintergrundfarbe sind in
einem gemeinsamen Cluster lokalisiert.
74
- Inhaltsverzeichnis 3
- Abkürzungsverzeichnis 8
- 1 Einleitung 12
- 2 Material und Methoden 16
- 2.2 Nährmedien und Puffer 17
- 2.2.2 Medienzusätze 17
- 2.3.1 Zellanzucht 18
- 2.3.2 Stammhaltung 20
- 2.4.1 Geräte und Lösungen 20
- 20x TAE-Puffer 22
- 2.4.10 Scheren von DNA 25
- 2.5.1 Restriktion 26
- 2.5.2 Dephosphorylierung 26
- 50 µl Ansatz 27
- 70 µl Ansatz 27
- 2.5.5 Ligation 28
- 2.6.1 TOPO TA-Klonierung 28
- 4 µl Ansatz 29
- 2.7 Amplifikationen 30
- 2.8 Genbanken 33
- 2.8.1 Plasmidbanken 34
- 2.9 Sequenzierung 34
- „½-LGA“-Sequenzieransatz 35
- Stop-Mix 37
- MegaBACE-Sequenzieransatz 37
- 2.11 Lückenschluß 39
- 2.11.1 Primerwalking 39
- 2.11.2 Lückenschluß mit PCR 40
- 2.11.3 Multiplex-PCR 41
- 2.12 BLAST 42
- 2.12.1 Bidirektionaler BLAST 42
- 2.13.3 Annotation in ERGO 44
- 2.14 Kumulativer GC-Skew 46
- 3 Ergebnisse 48
- Pile-ups assemblieren 53
- Pile-ups 53
- Bsp143I 56
- 3.I.1.5 Lückenschluß 58
- 3.I.1.6 Sekundärstrukturen 58
- R. eutropha H16 werden noch 59
- 3.I.2 Sequenzanalyse 60
- 3.I.2.1 G+C-Gehalt 63
- Bu. pseudomallei K96243 65
- Bo. bronchiseptica RB50 65
- 3.I.2.3 RNA-Gene 66
- 3.I.2.5 Annotation 68
- R. eutropha (H16_B1213) 80
- R. eutropha nachge 80
- R. eutropha 81
- et al., 1974) 81
- R. eutropha um zwei weitere 81
- 3.I.4.2.1.4 Acetoin-Abbau 88
- 3.I.4.2.2.1 Cyanat-Hydratase 89
- 3.I.4.2.2.2 Formamidase 89
- 3.I.4.4 Kdp-ATPase 92
- 3.I.4.5 Begeißelung 93
- R. solanacearum, die aller 94
- 5 7 8 9 10 11 126 13 14 96
- 3.I.4.6.2 Potentielle Toxine 97
- 3.I.4.6.2.1 RTX-Toxine 97
- 3.I.4.6.2.2 Tc-Toxine 99
- eutropha iden 100
- 3.II.1.1 Strategieanpassung 101
- 3.II.1.2 Rohsequenzierung 102
- Anzahl der Sequenzläufe 103
- Sequenzlücken 103
- 3.II.1.4 Lückenschluß 104
- 3.II.2 Sequenzanalyse 106
- Deletion 107
- Gene der Methanogenese 108
- Hoch-exprimierte Gene 108
- RNA-Gene 108
- Skalierung 108
- (1998) 110
- ERGEBNISSE KAPITEL 3 111
- Methanogenese 113
- Methanol + H 113
- Msp. stadtmanae 115
- Mth. thermautotrophicus 115
- 3.II.4 CO 117
- -Reduktionsweg 117
- 3.II.5 Genomvergleiche 121
- GKxxxKxNGRT MKNK 129
- DISKUSSION KAPITEL 4 136
- R. eutropha H16 141
- R. eutropha JMP134 141
- R. solanacearum GMI1000 141
- R. metallidurans CH34 141
- R. eutropha H16 C. necator N1 143
- 4.I.10 Ausblick 144
- 4.II.3 Kommensalismus 147
- 4.II.3.1 Zellwandsynthese 148
- 4.II.3.2 Überlange ORFs 150
- 4.II.5 Ausblick 154
- ZUSAMMENFASSUNG KAPITEL 5 155
- Burkholderiaceae 155
- Msp. stadtmanae-spezifischer 157
- 6 Literaturverzeichnis 158
- Lebenslauf 186
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