MTD 243-670 User Manual Page 6
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- Table of contents
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INHALTSVERZEICHNIS
3.I.4.2.3 Alternative Phosphorquellen ............................................................ 80
3.I.4.3 Synthese von Pyrroloquinolinquinon (PQQ)........................................... 80
3.I.4.4 Kdp-ATPase ............................................................................................ 81
3.I.4.5 Begeißelung............................................................................................. 82
3.I.4.6 Synthese von Sekundärmetaboliten......................................................... 84
3.I.4.6.1 Nicht-ribosomale Peptid-Synthetasen (NRPSs)............................... 84
3.I.4.6.2 Potentielle Toxine............................................................................. 86
3.I.4.6.2.1 RTX-Toxine .............................................................................. 86
3.I.4.6.2.2 Tc-Toxine .................................................................................. 88
3.II Das Methanosphaera stadtmanae-Genomprojekt................................................ 90
3.II.1 Sequenzierung und Annotation..................................................................... 90
3.II.1.1 Strategieanpassung................................................................................. 90
3.II.1.2 Rohsequenzierung.................................................................................. 91
3.II.1.3 Editierung des Rohdatensatzes............................................................... 92
3.II.1.4 Lückenschluß ......................................................................................... 93
3.II.1.5 Identifikation von zwei Varianten eines ribosomalen Operons ............. 93
3.II.1.6 Vorhersage und Annotation kodierender Sequenzen............................. 94
3.II.2 Sequenzanalyse ............................................................................................. 95
3.II.2.1 Allgemeine Eigenschaften ..................................................................... 95
3.II.2.2 Replikationsursprung ............................................................................. 98
3.II.2.3 Potentiell hochexprimierte Gene............................................................ 99
3.II.3 Methanogenese in Msp. stadtmanae ........................................................... 101
3.II.4 CO
2
-Reduktionsweg.................................................................................... 106
3.II.5 Genomvergleiche ........................................................................................ 110
3.II.5.1 Nicht identifizierte Proteine ................................................................. 110
3.II.5.2 Msp. stadtmanae-spezifische Gene...................................................... 113
3.II.5.2.1 Enzyme der Zellwandsynthese...................................................... 114
3.II.5.2.2 Überlange offene Leserahmen ...................................................... 115
3.II.5.2.2.1 Zusammensetzung der überlangen ORFs und Proteine ......... 117
3.II.5.2.2.2 Aufbau der überlangen Proteine............................................. 118
3.II.5.2.3 Restriktions-Modifikations-System .............................................. 119
4 Diskussion.................................................................................................................. 120
4.I Das Ralstonia eutropha H16-Genomprojekt....................................................... 120
4.I.1 Das R. eutropha H16-Genom....................................................................... 120
IV
- Inhaltsverzeichnis 3
- Abkürzungsverzeichnis 8
- 1 Einleitung 12
- 2 Material und Methoden 16
- 2.2 Nährmedien und Puffer 17
- 2.2.2 Medienzusätze 17
- 2.3.1 Zellanzucht 18
- 2.3.2 Stammhaltung 20
- 2.4.1 Geräte und Lösungen 20
- 20x TAE-Puffer 22
- 2.4.10 Scheren von DNA 25
- 2.5.1 Restriktion 26
- 2.5.2 Dephosphorylierung 26
- 50 µl Ansatz 27
- 70 µl Ansatz 27
- 2.5.5 Ligation 28
- 2.6.1 TOPO TA-Klonierung 28
- 4 µl Ansatz 29
- 2.7 Amplifikationen 30
- 2.8 Genbanken 33
- 2.8.1 Plasmidbanken 34
- 2.9 Sequenzierung 34
- „½-LGA“-Sequenzieransatz 35
- Stop-Mix 37
- MegaBACE-Sequenzieransatz 37
- 2.11 Lückenschluß 39
- 2.11.1 Primerwalking 39
- 2.11.2 Lückenschluß mit PCR 40
- 2.11.3 Multiplex-PCR 41
- 2.12 BLAST 42
- 2.12.1 Bidirektionaler BLAST 42
- 2.13.3 Annotation in ERGO 44
- 2.14 Kumulativer GC-Skew 46
- 3 Ergebnisse 48
- Pile-ups assemblieren 53
- Pile-ups 53
- Bsp143I 56
- 3.I.1.5 Lückenschluß 58
- 3.I.1.6 Sekundärstrukturen 58
- R. eutropha H16 werden noch 59
- 3.I.2 Sequenzanalyse 60
- 3.I.2.1 G+C-Gehalt 63
- Bu. pseudomallei K96243 65
- Bo. bronchiseptica RB50 65
- 3.I.2.3 RNA-Gene 66
- 3.I.2.5 Annotation 68
- R. eutropha (H16_B1213) 80
- R. eutropha nachge 80
- R. eutropha 81
- et al., 1974) 81
- R. eutropha um zwei weitere 81
- 3.I.4.2.1.4 Acetoin-Abbau 88
- 3.I.4.2.2.1 Cyanat-Hydratase 89
- 3.I.4.2.2.2 Formamidase 89
- 3.I.4.4 Kdp-ATPase 92
- 3.I.4.5 Begeißelung 93
- R. solanacearum, die aller 94
- 5 7 8 9 10 11 126 13 14 96
- 3.I.4.6.2 Potentielle Toxine 97
- 3.I.4.6.2.1 RTX-Toxine 97
- 3.I.4.6.2.2 Tc-Toxine 99
- eutropha iden 100
- 3.II.1.1 Strategieanpassung 101
- 3.II.1.2 Rohsequenzierung 102
- Anzahl der Sequenzläufe 103
- Sequenzlücken 103
- 3.II.1.4 Lückenschluß 104
- 3.II.2 Sequenzanalyse 106
- Deletion 107
- Gene der Methanogenese 108
- Hoch-exprimierte Gene 108
- RNA-Gene 108
- Skalierung 108
- (1998) 110
- ERGEBNISSE KAPITEL 3 111
- Methanogenese 113
- Methanol + H 113
- Msp. stadtmanae 115
- Mth. thermautotrophicus 115
- 3.II.4 CO 117
- -Reduktionsweg 117
- 3.II.5 Genomvergleiche 121
- GKxxxKxNGRT MKNK 129
- DISKUSSION KAPITEL 4 136
- R. eutropha H16 141
- R. eutropha JMP134 141
- R. solanacearum GMI1000 141
- R. metallidurans CH34 141
- R. eutropha H16 C. necator N1 143
- 4.I.10 Ausblick 144
- 4.II.3 Kommensalismus 147
- 4.II.3.1 Zellwandsynthese 148
- 4.II.3.2 Überlange ORFs 150
- 4.II.5 Ausblick 154
- ZUSAMMENFASSUNG KAPITEL 5 155
- Burkholderiaceae 155
- Msp. stadtmanae-spezifischer 157
- 6 Literaturverzeichnis 158
- Lebenslauf 186
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